En el año 1607, FELIPE III encomendó, a través de una cédula real, a la Compañía de Jesús, la evangelización de los indígenas sudamericanos para acabar con el inhumano sistema de las «encomiendas». Esta compañía había sido creada por San IGNACIO DE LOYOLA.

Fueron fundadas, entonces, las Misiones Jesuíticas, que tenían como objetivo evangelizar a los pueblos originarios de los actuales territorios de Argentina, Paraguay, Brasil, Uruguay y Bolivia. Junto a sus misioneros, San Ignacio de Loyola, inició un trabajo legendario, logrando integrar treinta pueblos organizados con más de cien mil aborígenes.

La misión de San Ignacio representa la manera en la cual se ordenaban los otros pueblos que se iban constituyendo a la par, siguiendo el planeamiento urbano de tipo español de la época:

Una amplia plaza cuadrada o rectangular en el centro , la Iglesia, la casa que habitaban los misioneros, las escuelas, los talleres, los depósitos de alimentos, un cementerio, una casa para las viudas, etc.

 A su alrededor se alineaban las casas de los indígenas. La casa de los misioneros no ostentaba posesiones diferenciales, excepto por el modo de clausura que obtenían con cañas tacuaras en las aberturas. Se dice que la Iglesia tenía un púlpito dorado y estaba adornada con esculturas, pinturas, y un altar mayor también tallado en madera.

Su convivencia fue muy respetuosa en relación a otros encuentros españoles – nativos en Latinoamérica. Esto consistió en el gran diferencial de trabajo llevado a cabo.

La expulsión de los jesuitas en 1767 supuso un golpe irreparable. La población indígena decreció sensiblemente en los años posteriores. Disminuyó notablemente la producción de alimentos, dificultando la subsistencia de estos pueblos, que se redujeron a menos de un cuarto en la cantidad de sus pobladores.

San Ignacio, además, fue destruida en 1817 por tropas paraguayas.

En la actualidad, hemos heredado sus riquezas arqueológicas, y también su música, los sabores de su gastronomía, la escultura en madera, entre otras.

En el año 1696, a orillas del río Yabebirí la misión de San Ignacio Miní fue establecida en el lugar en el que hasta hoy se preserva. Su estilo edilicio se denomina "barroco - guaraní". Se estima que en ella vivían alrededor de 4000 personas hacia el año 1715.

En su construcción edilicia, en San Ignacio se empleó el asperón rojo, que es la piedra local, en grandes bloques. Tal ha sido la dimensión de los trabajos, que, pese a años de deterioro, la mayor parte de los muros siguen en pie.

En los talleres en que trabajaban los aborígenes dirigidos por los maestros jesuitas. Ellos eran muy diestros conocedores de labores artesanales y el trabajo se distribuía entre grabadores, impresores, fundidores de metales, fabricantes de instrumentos musicales. También estatuarios, pintores y decoradores.

Hoy tenemos la fortuna de dejarnos deslumbrar por la visión que las piedras rojizas proponen. A través de columnas y capiteles frontales decorados con ángeles que testimonian el lenguaje estético de su época y lugar en la historia.

A nivel técnico, si se quiere, su arte goza de una vibrante de libertad expresiva que se debatió entre dos criterios. Por un lado, a través de las directivas de los maestros jesuitas, quienes llegados de Europa trajeron consigo el arte decorativo imperante de la época. Por otro lado, la exuberancia que imponía la propia naturaleza selvática como encuadre. Nació de estos conceptos el singular arte en hoy vemos en las Ruinas de San Ignacio, que superponen motivos heráldicos, ángeles, volutas, arabescos.

Una de los motivos favoritos es una sirena esculpida en el frontispicio que sonríe misteriosamente.

Su presencia en el lugar? ¡Las sirenas formaron parte del místico mundo de alta mar en muchas culturas! El material orgánico empleado ha desaparecido, pero el arte en la piedra sobrevivió al tiempo y al abandono. En la década de los 1940 comenzó la protección y restauración de las ruinas de San Ignacio Miní.